Im Arbeitsbereich der Titularprofessur Brigitte Hilmer werden die Übergangszonen zwischen spekulativen Denken, phänomenologischer Beschreibung und der Überlieferung und Auslegung philosophischer Texte erkundet. Forschungen finden nicht in der Struktur eines "Lehrstuhls" statt, sondern in der horizontalen Verbindung mit anderen Fächern und Projekten, unter anderem durch die regelmässige Kooperation bei Lehrveranstaltungen, das Initiieren von Diskussionsforen und die unterstützende Beratung bei Qualifikationsarbeiten. Schwerpunkte sind der Austausch mit Eikones, mit der Theologischen Fakultät und mit Initiativen der Bürger-Wissenschaft in und um Basel.

Derzeit liegt ein Schwerpunkt in der Erforschung der Philosophie des Schweizer Schellingschülers Ignaz Paul Vital Troxler (1780 - 1866) und seines denkerischen Beitrags zur Entwicklung der (direkten) Demokratie. Angestrebt wird eine Edition seiner philosophischen Schriften. Ein weiteres Projekt ist der Aufbau eines Arbeitsbereichs zu Sebastian-Castellio (1515 -1563) in Kooperation mit Expertisen zum Humanismus in Basel und mit der 2017 gegründeten internationalen Castellio Gesellschaft. Dieses Vorhaben steht im Kontext der Diskussion um Religionsfreiheit und Toleranz und speist sich aus dem Interesse an der Produktivität und spezifischen Vernünftigkeit von Häresien im Verhältnis zu hegemonialen Diskursen und weltanschaulichen Orthodoxien aller Art.